Ce service comprend la digestion de votre échantillon, la séparation des peptides, l’acquisition du spectre de masse MS/MS, son interprétation avec la recherche dans les banques de données protéiques.

 1.Renseignements sur l’échantillon

En général, issu d’électrophorèse 1D ou 2D, ou de chromatographie.
Dans tous les cas, l’échantillon doit être dans un tampon qui n’interfère pas avec la spectrométrie de masse. Il nous est indispensable de connaître la composition et les caractéristiques de l’échantillon (composition chimique du solvant, molarité, pH, concentration en protéine, ainsi que toute précision sur le type des protéines (ex : glycoprotéines) .
Dans le cas de l’électrophorèse 2D, le gel peut être coloré au bleu de Coomassie ou au nitrate d’argent (sans fixation par le glutaraldéhyde).

Les spots d’intérêts, repérés par le client, seront découpés manuellement ou par un automate (selon le nombre de spots à exciser). Si les spots sont excisés par le client, les fragments de gel peuvent être desséchés avant le transport dans un tube Eppendorf qui servira à l’envoi postal (à l’aide d’un évaporateur de type SpeedVac pendant 30 minutes). Alternativement, ils peuvent être expédiés humides.

2. Préparation des échantillons

Les échantillons (spots séchés) sont réhydratés et lavés pour éliminer les excès de colorant. Une digestion par la trypsine est ensuite effectuée.

3. Analyse spectrométrique

Une analyse LC MS/MS est alors effectué sur Q-TRAP LC-MS-MS ou Q-TOF (LC/MS)
Production d’un rapport d’analyse.